En revanche, on connaît deux cas de systèmes exoplanétaires avec transits de comètes. Le plus célèbre et le premier découvert est celui du disque de débris de l’étoile β-Pictoris, dont le spectre présente des raies atomiques (Ca II par exemple) variables temporellement, qui sont interprétées comme la signature de comètes en évaporation passant devant l’étoile. L’analyse statistique de ces signatures prouve qu’il existe deux familles de comètes différant par leur type d’orbite. A noter que le système de β-Pictoris possède également une planète géante (β-Pictoris b), découverte par imagerie directe, d’environ 7 masses de Jupiter, de période 22 ans. La recherche de son éventuel transit n'a, pour le moment rien donné.
Des transits de comètes devant une étoile (transit par le noyau cométaire et pas signature spectrale du nuage comme dans le cas de β-Pictoris) ont été détectés par Kepler en 2017.
